تعتبر البادئات جيدة التصميم من اهم عناصر التفاعل حيث ان المناطق المطلوب تكبيرها في الحمض النووي الوراثي تحدد معالمها عن طريق البادئة ، كما ان نواتج تفاعلPCR تتأثر بشكل حاد بخصائص التصاق البادئة المستخدمة ، ولابد ان تتوافر في البادئات المستخدمة عدة خصائص ، من ابرزها ان تكون تلك البادئات خاصة فقط بالمناطق المطلوبة (المراد تكبيرها) في الحمض النووي الوراثي حتى يصبح التفاعل اكثر فاعلية ، وان يكون للبادئتين نفس درجة حرارة الالتصاق ولاتتفاعل مع بعضها البعض بشكل كبير لتفادي حدوث ظاهرة البادئة المزدوجة Primer Dimer ، وتكون متوافقة في البنية التركيبية .
في المقابل ، لابد ان يكون تسلسل المنطقة التي سوف ترتبط بها البادئات واضحا ومعلوما ، لان هذه البادئات لن ترتبط بشكل صحيح اذا تغير ذلك التسلسل من شريط وراثيالى اخر .
وتتوفر تجاريا عدد من برامج الحاسب الالي التي تساعد في تصميم هذه البادئات، من اشهرها :
GeneRuner – Primer Express – Oligo)) وهذه البرامج تستخدم حسابات الديناميكا الحرارية للتنبؤ بدرجات حرارة التصاق هذه البادئات بالشريط الوراثي وامكانية تفاعلها مع بعضها البعض او مع بادئات اخرى .
ومع تطور تقنية نقل المعلومات اصبحت شبكات الانترنت من اهم مصارد المعلومات والتي تسهم في اختيارالبادئات المناسبة .
من خلال معهد Whitehead، مع هذا البرنامج يكفي ان يقوم المستخدم بادخال تسلسل الحمض النووي الوراثي ويحدد تسلسل المنطقة المطلوب تكبيرها ، يستطيع المستخدم تحديد حجم نواتج التفاعل وطول البادئة ودرجة حرارة الالتصاق المرغوبة ليقوم البرنامج بترتيب ازواج من هذه البادئات بناءا على افضلها ملائمة للتسلسل المدخل .
يعمل هذا البرنامج بكفاءة لتصميم زوج من البادئات يستطيع تكبير منطقة واحدة (Singlplex) في الحمض النووي الوراثي وهو مايطلق عليه تكبير مورثات فردية .
تحياتي
ستالين
المواضيع المتشابهه
تصميم بادئات التفاعل المبلمر Pcr
العرض العادي
